يُعتبر هذا الموسم نقطة تحول ضخمة في أسلوب وآرت السلسلة، حيث تتغير التصاميم لتشبه فيلم نينجاغو، ويصبح الجو أكثر ظلمة ونضجًا. تواجه نينجاغو منظمة إجرامية سرية تُدعى أبناء جرامادون، هدفهم هو جمع ثلاث أقنعة سحرية لإعادة جرامادون من عالم الأوني، ليس كشخص صالح كما عاد سابقًا، بل ككيان مظلم بالكامل. لويد يلعب دورًا قياديًا جديدًا، ويبدأ صراعًا نفسيًا ضد ظل والده للمرة الثانية، لكن هذه المرة دون أمل للخلاص. النينجا يتعرضون لهزيمة كبيرة، تنتهي بسيطرة الأعداء على نينجاغو وعودة جرامادون بشكل شرير كامل.