يدخل النينجا عالمًا رقميًا داخل لعبة تسمى Prime Empire بعد اختفاء لاعبين وفنانين تقنيين في ظروف غامضة. يتم سحب جاي داخل اللعبة ليصبح البطل الرئيسي للموسم. داخل العالم الرقمي، يواجه الفريق تحديات على شكل مستويات وسباقات ومعارك بأسلوب ألعاب أركيد، ويحاربون المبرمج الشرير أونايا الذي يريد السيطرة على العالمين: الرقمي والحقيقي. يتم التركيز هنا على جاي وعلاقته بذكريات "نادر"، أحد أبطال اللعبة الأصليين، إضافة إلى صراعات بين ما هو واقعي وما هو افتراضي.