تبدأ رحلة النينجا كفريق متكامل تحت قيادة المعلم وو، بعد تدريب كول، جاي، زين وكاي على مواجهة قوى الشر وحماية نينجاغو. تظهر أول تهديدات حقيقية من قبائل السيربينتين، وهي قبائل ثعابين قديمة مختومة منذ قرون بسبب قدرتها على التحكم في العقول وإثارة الفوضى. تتطور الأحداث عندما يسعى لويد، ابن جرامادون، لتحرير قبائل الثعابين بهدف السيطرة، لكنه مع مرور الوقت يبدأ يدرك أن الشر ليس مكانه الحقيقي، ويبدأ تدريبه ليصبح النينجا الأخضر المختار صاحب القدر الأعظم. النهاية تظهر بداية نضج لويد وتوحّد النينجا لأول مرة لمواجهة تهديد "الهائل العظيم" الذي يتم التمهيد له للمستقبل.